La principal razón por la que ayunar es obligatorio tiene que ver con el hecho de que para los exámenes médicos es preferible las alteraciones químicas en la sangre. Estas pueden ser provocadas por los componentes de los alimentos. Los niveles del colesterol, los triglicéridos, la glucosa, y las transaminasas son los que más comúnmente pueden verse afectados por los macronutrientes presentes en las comidas (grasas, azúcares, proteínas y vitaminas, etc).
Vista a través del microscopio, la muestra de sangre de una persona que aún tiene grasa siendo procesada en su organismo, de una comida reciente, se ve amarilla. Esto se debe al nivel de lípidos aún no asimilados en la sangre. Inconvenientes de este tipo son los que se busca evitar con esta recomendación. Además, esta precaución tiene que ver con el hecho de que los equipos médicos usados en los exámenes están diseñados para trabajar con sangre limpia.