Las áreas cerebrales relacionadas con la intensidad emocional de los sueños también actúan en horas de vigilia, lo que sí es distinto es la forma en que procesamos los datos. Es decir, los pensamientos nocturnos y diurnos son iguales, pero no se recuerdan de la misma manera. Las ondas que emite nuestro cerebro hacen difícil procesar la información, de forma que podemos recordar vagamente lo que soñamos, pero no con total exactitud. Esto debido a que los conectores neuronales que producen las memorias no sincronizan bien, y por ende, los sueños se borran antes de quedar grabados.
El área del cerebro relacionada con los sueños es la misma que el área cognitiva. Para tener un recuerdo primero necesitamos que este se grabe en el hipocampo, y que después esta impresión vaya a otras partes del cerebro. Esta sincronización desaparece durante el sueño, por lo que es muy difícil que se recuerde lo que soñamos. Soñar incluye diferentes procesos cognitivos, incluyendo procesos de desorganización y desincronización. La evidencia científica con la que se cuenta hasta el momento parece indicar que no recordamos los sueños por la forma en que el cerebro se comporta mientras dormimos.